Aparato que coloca las células de una suspensión en un paso tan estrecho que solo puedan pasar de una en una. Posteriormente, un mecanismo de lectura (un láser), no solo las cuenta, sino que registra si cumplen una determinada condición o no. Esto permite no sólo contar células, sino también analizar las proporciones entre los diferentes tipos celulares. Una de las ventajas del citómetro, es que permite analizar dos parámetros a la vez.